Najsevernejšia chránená oblasť Slovenska - Horná Orava bola v roku 1979 právne chránená, od roku 1926 bola chránená prírodná rezervácia Babia Góra, čo je jedna z najstarších rezervácií na Slovensku. Takmer polovicu územia tvoria lesy - pozostávajúce najmä z buka, jedle a monokultúry smreka. Výnimkou sú Babia Góra (s najvyšším vrcholom Diablak), Pilsko a Paráč, kde nájdeme smrekové lesy s prímesou rowan. V dôsledku výskytu početných rašelinísk existujú početné biotopy plazov a obojživelníkov vrátane mloka.